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經營部和注冊公司在稅收上的區別主要有：

一、稅收管轄不同：經營部在稅收上主要受到地方稅務機關的管轄，稅務管理負責人可以按照公章唯一的宗旨管理，而注冊公司在稅收上則受到國家稅務機關的管轄，在納稅行為上，公司可以獨立行使納稅權利和承擔納稅義務，不受經營部管轄。

二、納稅類別不同：經營部在稅收上主要是承擔增值稅、個人所得稅等的納稅義務，而注冊公司在稅收上，除了要繳納增值稅、企業所得稅等稅收項外，還需要繳納印花稅、城市維護建設稅等稅收。

三、稅收基礎不同：經營部在稅收上主要以實際經營收入為稅收基礎，而注冊公司的稅收基礎是以當年累計實現利潤為分析依據。

另外，對于個體工商戶來說，注冊公司可以享受部分稅收優惠政策，而經營部則無法享受。

拓展知識：

除了稅收上的區別，經營部和注冊公司在其他方面也有明顯的差異。比如，經營部是一個沒有法人資格的基本經營單位，具有獨立經營的能力，但注冊公司不僅具有獨立的法人資格，而且可以根據公司章程自主決定其從事活動的范圍。 此外，注冊公司的投資范圍更廣，一般可以從事銀行貸款等與資本金相關的活動，而經營部則無法辦理銀行貸款等活動。

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